在 VuePress 中配置 Markdown 文件的目录可以通过修改 .vuepress/config.js 文件来完成。

首先，需要确保已经安装了 vuepress-plugin-markdown-loader 这个插件。如果没有安装，可以使用下面的命令进行安装：

npm install vuepress-plugin-markdown-loader --save-dev

然后，打开 .vuepress/config.js 文件并添加以下内容：

module.exports = {
  // ...其他配置项
  
  markdown: {
    extendMarkdown: md => {
      const markdownItContainer = require('markdown-it-container');
      
      md.use(require('markdown-it-anchor'), { level: [2, 3] });
      md.use(require('markdown-it-toc'));
      
      md.use(markdownItContainer, 'tip', {
        render: (tokens, idx) => {
          if (tokens[idx].nesting === 1) {
            return '<div class="custom-block tip"><p>' + tokens[idx].info;
          } else {
            return '</p></div>';
          }
        },
      });
      
      md.use(markdownItContainer, 'warning', {
        render: (tokens, idx) => {
          if (tokens[idx].nesting === 1) {
            return '<div class="custom-block warning"><p>' + tokens[idx].info;
          } else {
            return '</p></div>';
          }
        },
      });
    },
    
    // 设置 Markdown 文件所在的路径
    sourceDir: './docs'
  },
}

上述配置会将 Markdown 文件放置于 ./docs/ 目录下，并且支持自定义样式、链接生成等功能。